Au début du siècle dernier, le Saguenay−Lac-Saint-Jean ne comptait qu’un seul établissement d’éducation privé pour les garçons, soit le Séminaire de Chicoutimi. Il recevait les élèves dès leur jeune âge jusqu’à la fin du cours classique. Il était évident que les enfants des cours préparatoires étaient trop petits et beaucoup trop jeunes pour suivre les règlements.

En 1918, les Soeurs Antoniennes de Marie de Chicoutimi réalisèrent le rêve de leur fondateur, l’abbé Elzéar DeLamarre, en prenant en charge les classes préparatoires au Séminaire. Cette ouverture à l’enseignement était l’aboutissement de longues et délicates transactions.

Dès septembre de cette même année, les sœurs instauraient quelques classes dans leur couvent. Ce fut l’origine de l’École Apostolique, seule école primaire privée d’enseignement religieux catholique dans la région.

Jusqu’en 1938, les prêtres du Séminaire assumèrent la direction de l’école. Le 14 mars de cette même année, l’établissement devint la propriété des Sœurs Antoniennes et en décembre, on l’aménagea dans la nouvelle construction sur la rue Jacques-Cartier à Chicoutimi.

Réservée exclusivement aux garçons depuis sa fondation, l’École Apostolique ouvrit ses portes aux filles en 1969.

En 2005, les Antoniennes de Marie passent leur flambeau aux mains d’un conseil d’administration formé de parents, de membres de la communauté religieuse, d’employés et à partir de cette même année, l’école dispense l’éducation au préscolaire (maternelle) et continue l’enseignement au primaire, de la première à la sixième année. Le programme de formation de l’école québécoise du Ministère de l’Éducation, de l’Éducation supérieur et de la Recherche est suivi et adapté afin d’en assurer le rendement et l’efficacité.